Nació en el 1330 a Nepomuk, en Boemia. Empezó los estudios eclesiásticos en la ciudad de Praga, y fue consagrado sacerdote por el arzobispo de aquella ciudad.
Apenas ordenado, se dio con celo a la sagrada predicación y el rey Venceslao lo quiso como predicador de corte. No pasó mucho tiempo que el arzobispo, para darle un premio, quiso elegirlo canónico de la catedral y lo propuso como emperador a la sede obispales Leitometitz. Asustado el buen canónigo de muchos honores y responsabilidad, logró persuadir el soberano a retirar su propuesta.
La mujer de Venceslao, Giovanna de Baviera, conocidole, lo eligió por su confesor y director de espíritu.
La buena señora pasaba horas enteras delante del SS. Sacramento, huyó también la sombra del pecado y fue a todo ejemplo de gran virtud. Pero el rey, corrompido, sospechó que le fuera infiel y a menudo la atormentó para conocer si fuera verdadero lo que sólo existió en su mente. Logrando naturalmente infructuosas todas sus investigaciones, y no siendo convencido todavía de la inocencia de la cónyuge, deliberó de interrogar a su confesor y hacerse revelar de él, o por amor, o por fuerza, cuánto la reina le dijo en confesional.
Llamado a si a Giovanni, lo interrogó en bonitas maneras y con promesas de honores le intimó de hablar.
El San se estremeció a la propuesta y contestó con invicto ánimo que en aquella solicitud no pudo obedecer absolutamente. Fue pospuesto después de haber sido amenazado de reclusión y también de peor, si dentro de algunos días no se hubiera presentado a desvelar cuanto le fue intimado.
Vuelto a llamar la segunda vez y siendo enseñado él inflexible, estuvo de nuevo suspendido.
Lo invitó una última vez, a un almuerzo y volvió al ataque, pero no logrando, ordenó a sus esclavos de echarlo en el río moldava. Durante la noche, cuando no estaba el peligro de un motín del pueblo, fue conducido sobre el puente de la ciudad y, entre el sexto y el séptimo pilar (dónde todavía hay una cruz en recuerdo del delito) fue echado en la corriente. Pasaba el año1383.
La mañana siguiente pero sobre las aguas del río flotó un cadáver circundado por una luz misteriosa. Fue llevado a la ribera y se reconoció a Giovanni. Toda la ciudad fue trastornada apenas aclarado el misterio y conocido al autor del crimen.
Procesionalmente el santo cuerpo fue llevado a la cercana iglesia de S. Cruz, mientras cada persona, llorando, acudió a besarle los pies y a entregarse a su intercesión.
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